Eelerwoude is in 1986 ontstaan door samenvoeging van de twee éénmans-adviesbureaus van Evert van de Kolk en Frank Klement. Hun eerste kantoorruimte vonden zij in Verpleeghuis Krönnenzommer op de Eelerberg bij Hellendoorn. Voor de naam van hun bedrijf lieten de compagnons zich inspireren door deze omgeving.
Eelerwoude begon als bosbouwkundig ingenieursbureau. Waar Staatsbosbeheer zich voorheen bezighield met het adviseren van particulieren op het gebied van bosbeheer, beheersplannen en subsidieregelingen, nam Eelerwoude die taken eind jaren tachtig over. De advisering omvatte de inrichting van het complete landelijke gebied.
In de daarop volgende jaren groeide het bureau gestaag. In de periode 1993-2003 werden de werkzaamheden die met advisering over ontwikkeling en inrichting van de groene ruimte te maken hadden uitgevoerd door Eelerwoude Ingenieursbureau B.V. Het beheer van landgoederen, taxatie en bemiddeling van vastgoed aanbod werd uitgevoerd door Eelerwoude Rentmeesters B.V.
In 2001 verhuisde Eelerwoude naar het huidige pand aan de Mossendamsdwarsweg in Goor. Integraal werken werd steeds belangrijker, en bundeling van kennis was noodzakelijk om de vragen van onze opdrachtgevers goed op te kunnen lossen. Per 1 januari 2004 zijn beide werkmaatschappij gefuseerd en sindsdien werken we samen onder de naam Eelerwoude.
In 2004 werd een vestiging in Oosterwolde (Fr) geopend van waaruit de opdrachtgevers in Noord-Nederland worden bediend, zij zijn in 2011 verhuisd naar Dieverd. Sinds 2006 heeft Eelerwoude voor Zuid-Nederland een vestiging in Vorstenbosch. Met de opening van de vestiging in Bilthoven in 2008, dat zich richt op West-Nederland, is een landelijke dekking bereikt. De vestiging Vorstenbosch en Bilthoven zijn samengevoegd en gevestigd in Culemborg.
Frank Klement stelde in 2008 vast dat daarmee zijn persoonlijk ambitie met Eelerwoude was bereikt, en verkocht zijn aandelen aan zijn compagnon. Evert van de Kolk zette het bedrijf voort met Stefan Semmekrot. Samen vormen zij sindsdien de directie van Eelerwoude.
Inmiddels werken bij Eelerwoude zeventig medewerkers als adviseur, ontwerper, procesmanager en rentmeester, in de vakgebieden ruimtelijke ontwikkeling, ecologie, cultuurtechniek, landschapsarchitectuur en beheer.